心臓の検査をされて心筋症などの心臓病がないのであれば、血栓症の可能性は少ないと思います。他の原因によっても血栓は生じることがありますが、後肢が麻痺するような大きな血栓であればお腹の超音波検査で血管に詰まった血栓を見つけることができます。ただ、微小なもので、血管の先につまったのは診断が困難なこともあります。ただ、血栓症であれば、朝だけとか生じることはないでしょう。
　その他、脳や脊髄などの神経疾患や関節炎などの運動器疾患などの問題を抱えているのかもしれません。とくに猫の関節炎はとても多いですね。
いずれも軽症であれば検査で引っかからないこともありますので、担当の先生とよくご相談ください。