写真からは、ちょうど乳頭とその周囲に皮膚炎が生じているように見受けられます。皮膚が炎症によって肥厚（厚みが増し）したために乳頭も少し大きくなり、中心にある乳頭孔が穴として見えていることが考えられます。
掻いている乳首の付近の皮膚の下に「シコリのような塊」がふれることはないでしょうか？オス犬ですので通常は大丈夫と思われますが、念のためよく触れてみて乳腺の炎症や腫瘍の疑いがないことを確認されると良いでしょう。
シコリが無ければ、皮膚炎が想定されます。「柴犬で耳をよく掻いていたことがある」とのことですので、皮膚が過敏な体質と思われます。
皮膚炎の原因はさまざまですので、他にも皮膚炎があったり患部が広がるようでしたら早めに診察を受けられることをお勧め致します。
なお、掻くことによって皮膚の表面が掻き壊されますと、それによって炎症や痒みが増すという悪循環に陥りますので、エリザベスカラーをつけたり子供用のＴシャツを着せるなどして、先ずは患部を舐めたり掻いたりしないようにすることもご検討下さい。