相談・獣医師回答・コメント

会陰ヘルニアの術後から排尿困難とのことですね。
会陰ヘルニアの手術法はいくつかあります。現在の主流はポリエチレンメッシュを骨盤腔に通してヘルニア孔を塞ぐ術式です。また、未去勢の場合は必ず去勢手術を行います。さらに重度の会陰ヘルニアの場合は、開腹手術も行い、精管固定術、結腸固定術を併用する場合もあります。
基本的にどのような術式でも直接尿管を触ることはありません。
また、カテーテルがすんなり挿入されるとのことですので、尿管損傷の可能性は低いと思われます。
可能性としては術後の痛み、炎症、人工物（メッシュなど）による尿道の圧迫、手術による神経麻痺などが考えられます。
排泄姿勢をとっても痛みがあることで力むことが出来ず、排尿しない場合もあります。神経麻痺が原因であれば薬で治ることもあります。実際の手術、診察をしたわけではありませんので獣医さんとよく相談して今後の検査、治療を決めてください。
去勢手術の切開部位は陰嚢に近いと陰嚢が腫れる場合があり、ペニスと陰嚢の間を切開することは間違いではありません。